C1驾驶证扣9分的处理方式如下：
扣9分后，只需缴纳相应的罚款，记分会在记分周期结束后自动清零。
可以通过交管12123APP中的“学法减分”功能来减分。每学习一次可以减1分，学习4次可以将9分降到5分。但要注意，一个记分周期内最多只能减6分。
如果在实习期内扣了9分，需要注意不能再扣分，否则很容易达到12分，驾驶证会被注销。
累积记分达到12分时，公安机关交通管理部门将扣留驾驶证，并需要参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习，考试合格后记分予以清除，发还驾驶证；考试不合格的，继续参加学习和考试。拒不参加学习、也不接受考试的，驾驶证将被公告停止使用。
总结：
C1驾驶证扣9分后，主要是通过缴纳罚款来清除记分，并且可以通过交管12123APP进行学法减分来进一步减少记分。同时，需要注意实习期内的扣分限制，避免记满12分导致驾驶证被注销。
